Mit dem Emulator werden beliebige ROMs, die man auf seinem Gerät gespeichert hat, geladen. Die Formate .n64, .v64, sowie .z64 sind allesamt mit Muper64 Plus AE kompatibel, auch kann man auf Spiele zugreifen, die im ZIP-Format vorliegen.

Mit Mupen64 Plus AE kann man alte Klassiker wie Super Mario 64, Super Smash Bros., Pokemon Stadium und Goldeneye 007 auf seinem Android spielen. Die Steuerung ist das größte Problem unter Emulatoren, doch mit diesem Emulator funktioniert sie im Allgemeinen relativ gut.

Grafisch sind die Spiele meist in der selben Qualität wie das Original, in einigen Fällen, darunter Mario 64, ist sie sogar mit dem Emulator besser.